© 2015 Authors; published by Portla

© 2015 Authors; published by Portland Press Limited. Tandem repeats (TRs) are frequently not perfect, containing a number of mutations accumulated during evolution. One of the main problems is to distinguish between the sequences that contain highly imperfect TRs and the aperiodic sequences. The majority of proteins with TRs in sequences have repetitive arrangements in their 3D structures. Therefore, the 3D structures of proteins can be used as a benchmarking criterion for TR detection in sequences. Different TR detection tools use their own scoring procedures to determine the boundary between repetitive and non-repetitive protein sequences. Here we described these scoring functions and benchmark them by using known structural TRs. Our survey shows that none of the existing scoring procedures are able to achieve an appropriate separation between genuine structural TRs and non-TR regions. This suggests that if we want to obtain a collection of structurally and functionally meaningful TRs from a large scale analysis of proteomes, the TR scoring metrics need to be improved.

Результаты (русский) 1:

© Авторы к 2015 году; Опубликовано Портленда пресс Limited. Тандемных повторов (TRs) часто не являются идеальными, содержащий ряд мутаций накопленных в ходе эволюции. Одна из основных проблем является различие между апериодическое последовательности и последовательности, которые содержат весьма несовершенной TRs. Большинство белков с TRs в последовательности имеют повторяющихся механизмов в их трехмерных структур. Таким образом 3D структуры белков может использоваться в качестве критерия сравнения для обнаружения TR в последовательности. Различные средства обнаружения TR использовать свои собственные процедуры оценки для определения границы между повторяющихся и non повторяющийся белковых последовательностей. Здесь мы описали эти оценки функций и сравнивать их с помощью известных структурных TRs. Наше исследование показывает, что ни одна из существующих процедур скоринга способны достичь соответствующего разделения между подлинной структурной TRs и регионами-TR. Это свидетельствует о том, что, если мы хотим, чтобы получить коллекцию структурно и функционально значимых TRs из анализа больших масштабах протеомов, TR скоринга метрик необходимо усовершенствовать.

Результаты (русский) 2:

© 2015 Авторы; опубликованные Портленд пресс Limited. Тандем повторяет (TRS) часто не идеально, содержащий ряд мутаций, накопленных в ходе эволюции. Одной из основных проблем является различие между последовательностями, которые содержат высокую несовершенные ТУ и апериодической последовательности. Большинство белков с ТР в последовательности имеют повторяющиеся меры в их 3D структуры. Таким образом, 3D структуры белков может быть использован в качестве критерия для обнаружения сравнительного TR в последовательности. Различные средства обнаружения TR использовать свои собственные процедуры подсчета очков для определения границы между повторяющимися и не повторяющихся последовательностей белка. Здесь мы описали эти функции и забил сравнить их с помощью известных структурных регламентов. Наше исследование показывает, что ни один из существующих процедур скоринга не в состоянии достичь надлежащего разделения между подлинными структурных ТУ и без TR регионах. Это говорит о том, что если мы хотим получить коллекцию структурно и функционально значимых ТУ от крупномасштабного анализа протеома, ТР забил метрики должны быть улучшены.

Результаты (русский) 3:

© 2015 авторов; опубликован в портленде пресс - ограничен.тандемных повторов (тр), часто не идеален, содержащий ряд мутаций, накопленные в ходе эволюции.одной из главных проблем состоит в том, чтобы провести различие между последовательностей, которые содержат весьма несовершенным TRS и aperiodic последовательности.большинство белки с тр в последовательности есть повторяющиеся договоренностей в 3D структур.таким образом, 3D - структур белков, могут использоваться в качестве базовых критериев для TR обнаружения в последовательности.различные TR обнаружения инструменты использовать свои собственные процедуры для определения рейтинга границы между повторяющимися и не повторяющихся белковых последовательностей.здесь мы охарактеризовали эти отметки функций и сравнить их с помощью известного структурных тр.наш опрос показывает, что ни один из существующих заемщиков процедур могут достичь надлежащего разделения между структурных TRS и не TR регионов.это говорит о том, что если мы хотим получить коллекцию структурно и функционально значимых TRS из крупных масштабах анализ proteomes, TR забил метрики, должны быть улучшены.