Over the approximately six million

Over the approximately six million years since the
human and chimpanzee lineages diverged from a com-
mon ancestor, the two species evolved a variety of dis-
tinctive morphological, behavioral, cognitive and other
phenotypic traits [32]. To explore the genetic basis of
the phenotypic differences that distinguish humans from
chimpanzees, a number of comparative genomic studies
have been conducted in recent years [1,33]. Perhaps the
most surprising finding of these studies is the paucity of
protein-coding nucleotide variations between these two
species, which supports earlier contention that the basis
of the phenotypic differences lies in the realm of gene
regulation [2].
Direct evidence in support of the regulatory hypoth-
esis has recently been provided by a number of com-
parative microarray studies showing that significant
differences in gene expression patterns exist between
humans and chimpanzees, especially in organs (for
example, brain and testis) and functions (for example,
cognitive ability and fertility) directly related to some of
the major phenotypic traits distinguishing the two spe-
cies [31,32]. Questions remain, however, concerning the
genetic basis of the differences in gene regulation that
separates humans from chimpanzees. One hypothesis is
that the substantial INDEL variation that exists between
humans and chimpanzees may contribute significantly
to the regulatory differences between the species [3,7].
In an effort to address this hypothesis, we categorized
the large (80 to 12,000 bp) INDEL variation existing
between humans and chimpanzees that is located in or
near genes and conducted a preliminary analysis to
assess whether this variation might be of functional sig-
nificance. We found that 70% of the 26,509 human-
chimpanzee INDELs are homologous to RT sequences
(primarily SINEs and LINEs) that have inserted within
the human genome subsequent to the divergence of the
two species from a common ancestor. The remaining
30% of the human-chimpanzee INDEL variation is asso-
ciated with US NISs or with NISs composed of TRs.
Large INDELs were found to map within or in proxi-
mity to (± 5 kb) 30% of human-chimpanzee genes. The
majority of INDELs mapping within or in proximity to
human genes are RT sequences, and the INDELs map-
ping within or in proximity to chimpanzee genes are
about equally distributed between RTs and NISs. SINEs
and LINEs were the most frequent categories of RTs
associated with human-chimpanzee genes, which is con-
sistent with the fact that these are the most transposi-
tionally active classes of RTs in both species.
We found that the proportion of DE genes associated
with INDELs is significantly greater than the proportion
of DE genes not associated with INDELs across all tis-
sues examined. Similarly, the proportion of DE genes
associated with INDELs was significantly greater than
the proportion of non-DE genes and was associated
with INDELs across all tissues examined. These findings,
coupled with the observation that there is relatively little
overlap (fewer than 9% averaged across all tissues)
between DE genes associated with nucleotide variation
and those associated with large INDEL variation, are
consistent with the hypothesis that large INDELs have
contributed significantly to regulatory differences
between humans and chimpanzees at the life stage and
in the tissues examined in this study. Indeed, we have
previously presented evidence that RT INDELs may
have contributed to differences in apoptotic function
between the two species, possibly accounting for the
relatively larger size of the human brain ’ s being pleiotro-
pically coupled with an increased propensity for cancer
development

Результаты (русский) 1:

Течение примерно шесть миллионов лет послечеловека и шимпанзе разошлись от com-Mon предка, два вида развивались различные дис-tinctive морфологические, поведенческие, когнитивные и другиефенотипических признаков [32]. Для изучения генетической основыФенотипические различия, которые отличают людей отшимпанзе, ряд сравнительных геномных исследованийбыли проведены в последние годы [1,33]. Возможносамое удивительное вывод этих исследований является нехваткабелок кодирования нуклеотидов различия между этими двумявидов, который поддерживает ранее раздора, основыФенотипические различия лежит в области генапостановление [2].Прямые доказательства в поддержку регулирования столбе-ЭСИС недавно была предоставлена ряду com-Сравнительный microarray исследования, показывающие, что значительныеСуществуют различия в картин выражения гена междулюди и шимпанзе, особенно в органах (дляНапример, мозг и яички) и функции (например,когнитивные способности и плодородия) непосредственно связанных с некоторыми изОсновные фенотипических признаков различия двух spe-CIES [31,32]. Вопросы остаются, однако, относительногенетическая основа различия в регуляции генов,отделяет людей от шимпанзе. Одна из гипотез являетсячто существенные вариации INDEL, который существует междулюди и шимпанзе могут значительно способствоватьдля регулирования различия между видами [3,7].In an effort to address this hypothesis, we categorizedthe large (80 to 12,000 bp) INDEL variation existingbetween humans and chimpanzees that is located in ornear genes and conducted a preliminary analysis toassess whether this variation might be of functional sig-nificance. We found that 70% of the 26,509 human-chimpanzee INDELs are homologous to RT sequences(primarily SINEs and LINEs) that have inserted withinthe human genome subsequent to the divergence of thetwo species from a common ancestor. The remaining30% of the human-chimpanzee INDEL variation is asso-ciated with US NISs or with NISs composed of TRs.Large INDELs were found to map within or in proxi-mity to (± 5 kb) 30% of human-chimpanzee genes. Themajority of INDELs mapping within or in proximity tohuman genes are RT sequences, and the INDELs map-ping within or in proximity to chimpanzee genes areabout equally distributed between RTs and NISs. SINEsand LINEs were the most frequent categories of RTsassociated with human-chimpanzee genes, which is con-sistent with the fact that these are the most transposi-tionally active classes of RTs in both species.We found that the proportion of DE genes associatedwith INDELs is significantly greater than the proportionof DE genes not associated with INDELs across all tis-sues examined. Similarly, the proportion of DE genesassociated with INDELs was significantly greater thanthe proportion of non-DE genes and was associatedwith INDELs across all tissues examined. These findings,coupled with the observation that there is relatively littleoverlap (fewer than 9% averaged across all tissues)between DE genes associated with nucleotide variationand those associated with large INDEL variation, areconsistent with the hypothesis that large INDELs havecontributed significantly to regulatory differencesbetween humans and chimpanzees at the life stage andin the tissues examined in this study. Indeed, we havepreviously presented evidence that RT INDELs mayhave contributed to differences in apoptotic functionbetween the two species, possibly accounting for therelatively larger size of the human brain ’ s being pleiotro-pically coupled with an increased propensity for cancerdevelopment

Результаты (русский) 2:

За примерно шесть миллионов лет с тех пор
родословных человека и шимпанзе отклонялись от ком-
мон предка, эти два вида развивались различные Отбрасывая опреде-
ленных морфологических, поведенческих, когнитивных и других
фенотипических признаков [32]. Для изучения генетической основы
фенотипических различий , которые отличают людей от
шимпанзе, ряд сравнительных геномных исследований
были проведены в последние годы [1,33]. Пожалуй,
самое удивительное открытие этих исследований является недостаточное количество
белок-кодирующих вариаций нуклеотидных между этими двумя
видами, который поддерживает более раннее утверждение , что в основе
фенотипических различий лежит в области генной
регуляции [2].
Прямые доказательства в поддержку из регулирующий гипо-
теза недавно была предоставлена ​​рядом ных
сравнительных исследований микрочипов , показывающие , что существенные
различия в характере экспрессии генов существуют между
людьми и шимпанзе, особенно в органах (для
например, головного мозга и семенников) и функций (например,
когнитивные способности и фертильности) , непосредственно связанные с некоторыми из
основных фенотипических признаков , отличающих два спе-
тику [31,32]. Вопросы остаются, однако, в отношении
генетической основы различий в регуляции генов , что
отделяет человека от шимпанзе. Одна из гипотез о
том , что существенные вариации INDEL , которая существует между
людьми и шимпанзе могут внести значительный вклад
в регуляторные различия между видами [3,7].
В попытке решить эту гипотезу, мы категоризированы
большой ( от 80 до 12 000 пар оснований ) изменение INDEL существующие
между людьми и шимпанзе , которые находятся в пределах или
вблизи генов и провели предварительный анализ , чтобы
оценить , может ли это изменение будет функциональной сиг-
nificance. Мы обнаружили , что 70% из 26,509 человек-
шимпанзе вставкам гомологичными последовательностями RT
( в первую очередь синусов и Линейки), которые вставляются в
геном человека , следующего за расхождения
двух видов от общего предка. Оставшиеся
30% вариации INDEL человек-шимпанзе свя-
ляемые США или с НИС НИС , состоящей из TRs.
Были обнаружены большие вставкам к карте в пределах или в бесконтактными
родности к (± 5 кб) 30% генов человека и шимпанзе ,
Большинство отображения вставкам внутри или в непосредственной близости от
человеческих генов являются последовательности RT, и вставкам Map-
пинг внутри или в непосредственной близости от шимпанзе гены
примерно поровну распределены между РТС и ННГ. SINEs
и линии были наиболее частыми категории РТО ,
связанных с генами человека и шимпанзе, который является кон-
согласуется с тем фактом , что они являются наиболее транспозиции
ционно активные классы РТО у обоих видов.
Мы обнаружили , что доля генов , ассоциированных DE
с вставкам значительно больше , чем доля
Де генов , не связанных с вставкам во всех гигиенической бумаги
подает в суд рассмотрел. Аналогичным образом , доля DE генов ,
ассоциированных с вставкам была значительно выше , чем
доля недействующих DE генов и была связана
с вставкам во всех исследованных тканях. Эти данные, в
сочетании с наблюдением , что существует относительно небольшое
перекрытие (менее 9% в среднем по всем тканям)
между DE генов , связанных с изменением нуклеотидной
и те , которые связаны с большим изменением INDEL, являются в
соответствии с гипотезой , что большие вставки подсчитывали ,
внесли значительный вклад в нормативные различия
между людьми и шимпанзе на стадии жизни и
в тканях , рассмотренных в данном исследовании. В самом деле, мы
ранее представили доказательства того, что вставкам RT может
быть способствовали различия в апоптотической функции
между этими двумя видами, возможно , что составляет
относительно большего размера человеческого мозга 's будучи pleiotro-
pically в сочетании с повышенной предрасположенностью к рака
развития

Результаты (русский) 3:

в течение примерно шесть миллионов летправ человека и шимпанзе традиций отходит от COM -мой предок, двух видов разработал ряд дис -tinctive морфологические, поведенческие, познавательных и другиефенотипическими признаками [32].изучать генетическую основуThe фенотипическими различия, по которым люди изшимпанзе, рядом сравнительных геномных исследованийв последние годы был реализован [1,33].возможно,удивительно найти этих исследований, является нехваткануклеотиды различия между этими двумя кодирования белковвид, который поддерживает ранее о том, что в основеиз фенотипическими разногласий лежит в сфере геннойправило [2].прямых доказательств в поддержку нормативных hypoth -ESIS недавно представили ряд ком -parative - микрочип исследований показывает, что существенныйразличия в экспрессии генов существует междулюдей и шимпанзе, особенно в органах (например, мозг и яички) и функции (например,когнитивные способности и рождаемость), непосредственно связанных с некоторымиосновные фенотипическими признаками различия между этими двумя оин -31,32 CIES [].остаются вопросы, однако огенетической основы различия в правила, что генотличает людей от шимпанзе.одна гипотезао том, что существенные различия между indelлюдей и шимпанзе могут в значительной мере способствоватьк нормативно - правовые различия между видами [3,7].в целях решения этой гипотезы, мы выявилибольшой (80) BP) indel изменение существующихмежду человеком и шимпанзе, который находится в илинедалеко от генов и провел предварительный анализоценить, насколько это может быть функциональной SIG -nificance.мы обнаружили, что 70% от 26509 прав -шимпанзе indels не живет на RT последовательностей(в первую очередь синиш и линий), которые включены вгеном человека после отклонения отдва вида от общего предка.остальные30% человеческой шимпанзе indel варьирование ассо -ciated с нами нсрб или нсрб из тр.было установлено, что в значительной indels карту или в proxi -mity (± 5 kB) 30% прав шимпанзе генов.советбольшинство indels карт в пределах или в непосредственной близости отчеловеческие гены RT последовательности, и indels карту -пинг в пределах или в непосредственной близости к шимпанзе геныпримерно поровну между ртс и нсрб.синиши линий, чаще других категорий ртсв связи с правами шимпанзе гены, в которых - con -sistent с тем фактом, что эти самые transposi -tionally активного класса ртс в обоих видов.мы нашли, что доля de гены, связанныес indels значительно больше, чем доляде генов, не связанный с indels во все это -требует изучения.аналогичным образом, доля de геныв связи с indels было значительно больше, чемдоля не de гены и было связанос indels во всех тканях изучены.эти выводы,наряду с замечанием о том, что имеется относительно малоперекрытие (менее 9% в среднем во всех тканях)между де гены, связанные с нуклеотидные вариациии те, которые связаны с крупными indel вариации,в соответствии с предположением о том, что крупные indels естьв значительной степени регулирования разногласиймежду человеком и шимпанзе на этапе жизни ив тканях, рассматриваются в настоящем исследовании.действительно, у нас естьранее представили доказательства того, что RT indels можетспособствовали различия в apoptotic функциямежду двумя видами, возможно, учетаотносительно более крупных размеров человеческий мозг "s being pleiotro -pically в сочетании с большей склонностью к ракуразвитие